Михайловский монастырь располагался на северо-востоке от Софийской кафедры, недалеко от края кручи, стоящей над Подолом. Главную церковь монастыря, св. Архистратига Михаила, «Златоверхую», построили в 1108—1113 годах, за князя Святослава Второго. Она была второй по величине церковью средневекового города и одной из трех церквей Свято-Дмитриевского монастыря, который впоследствии стал называться Златоверхим Михайловским монастырем.

Из многих византийских церквей средневековья, перестроенных в XVII — XVIII веках в стиле барокко, Михайловская церковь была, возможно, наиболее удачной по комбинированию начального византийского строения с пышными украшениями барокко XVIII века. Стены Михайловской церкви были изнутри почти полностью византийские, тогда как внешний вид был барочный, что создавало живописный вид богатых форм и красочных украшений. Как и в других барочных монастырских комплексах, главный вход через ворота в стене вокруг монастыря был акцентирован высокой колокольней (1716—1719). Возле церкви была еще другая — трапезная — церковь св. Иоанна Богослова (1713), а в стене еще одни ворота — Экономические (1760).

Внутри церкви был иконостас, который подарил гетман Иван Скоропадский, а вырезал мастер Григорий из Чернигова, его поставили 1718 году. Большинство начальных византийских мозаик и фресок на внутренних стенах Михайловской церкви было закрашено в XVIII—XIX веках. Труды по реставрации и расчистке тех мозаик в алтаре, что оставались незарисованными, были начаты только в конце XIX века. Но при этом не было сделано подробного исследования зарисованных стен внутри церкви и поэтому мы не знаем, сохранились ли под новым слоем штукатурки начальные, средневековые фрески и мозаики. Запланированное разрушение Михайловского монастыря вызвало сопротивление со стороны украинских научных кругов и их немногочисленных сторонников-россиян. В советских пубпикациях того времени подвергали сомнению известные исторические факты о времени построения Михайловской церкви. Особо подчеркивалось, что это средневековое сооружение претерпело много переделок и мало что осталось от первоначальной структуры. Ни советская власть, ни историки, были еще деятельны в середине 1930-х годов, не говорили о том, что украинская барочная архитектура сама по себе достойна того, чтобы ее хранить.

Перед разрушением Михайловской церкви, в течение 8 июня — 9 июля 1934 года, было исследовано и средневековую сердцевину, а особенно — нартекс (входную часть строения) и захоронения в ней. Исследование провалили надежные и проверенные советские ученые — Т.М. Молчановский и К. Гончаров, из политически очищенного и реорганизованного Института материальной культуры (ранее, до 1933 года, Института археологии) Украинской Академии Наук. Очевидно, на основании этого исследования Институт, при подписи директора Ф. Козубовского и археолога Т. Н. Мовчановского установил, что Михайловская церковь построена в основном, в барочные времена, а не в XII веке, и поэтому не представляет исторической ценности. Не вынужденное утверждение дало советской власти законное основание принять планы относительно всего архитектурного комплекса Златоверхого Михайловского монастыря. И, согласно законодательству Советской Украины с 1926 года, Нарком образования Владимир Затонский разрешил после этого разрушить исторические памятники.

26 июня 1934 начали снимать византийские мозаики XII века. Эту деликатную операцию выполняла мозаичная мастерская Академии Искусств из Ленинграда. Ленинградские эксперты вынуждены были спешить, чтобы закончить работу до назначенного по плану начала разрушения стен; поэтому они работали наспех и не успели выполнить всего, что было запланировано. Несмотря на осторожность и внимательность при снятии со стен средневековых мозаик, последствия последующей сборки нельзя считать абсолютно аутентичными.

Весной 1935 года начали поднимать барочные купола, построенные над кирпичным сводом. При этом было уничтожены серебряные царские врата с 1812 года, подаренную гетманом Иваном Мазепой раку св. Варвары (круга 32 килограммов серебра) и другие художественные изделия. Иконостас и работы мастера Григория исчезли. Весной или летом 1936 года (точной даты установить не удалось) ободранное здание Михайловской церкви было взорвано динамитом (аммоналом) и полностью разрушено. Колокольню монастыря разобрали еще раньше, а стены монастырской ограды — после церкви. Место исторической памятки посли разрушения тщательно исследовали сотрудники НКВД, ища какие-либо ценности. Мозаичный образ св. Дмитрия Солунского и один из двух византийских барельефов, когда-то заделанных в наружную стену церкви, забрала Третьяковская Галерея — музей русского искусства — в Москве. Остальные мозаики и фрески помещены на хорах Софийской кафедры, куда не имеют доступа обычные посетители.

Вид первого из двух симметрично запланированных зданий нового Правительственного центра (законченного весной 1938 года) был настолько неудовлетворителен, что сооружение второго здания, которое должно стоять именно на месте Мнхайливськой церкви, задержали. Трапезная церковь, хотя и без своего барочного купола, сохранилась, а в августе 1963 года была объявлена архитектурным памятником Украинской ССР. В 1973 году Киевский городской совет принял решение установить «археологические заповедные зоны». Территория Михайловского Златоверхого монастыря была включена в заповедную зону. Все еще пустующее место Михайловского монастыря не было включено в Историко-Археологический парк-музей «Старый Киев», который спроектировал архитектор А.М. Милецкий по научной консультацией М. В. Холостенко и П.П. Толочко.